紧接上一篇讲述的一种检测胚胎质量的创新手法的文章,这次小编继续在辅助生育领域为大家解读以下这篇胚胎植入过程中lncRNA的功能初探。
作者发现了3个候选lncRNA基因(ENST00000414116, ENST00000433673, ENST00000448179)大量存在于子宫内膜。lncRNA ENST00000414116分布在内膜基质细胞内,lncRNA ENST00000433673分布在内膜内皮细胞内,lncRNA ENST00000448179在内膜基质细胞内特异表达。
(胚胎植入模式图)
作者以RT-PCR鉴定三个候选基因lncRNA ENST00000414116、ENST00000433673和ENST00000448179的表达量。
作者用KOBAS软件做的通路富集分析。发现lncRNA ENST00000414116的mRNA主要富集在肿瘤发生通路、MAPK信号通路、内吞和Endocytosis signaling pathways。lncRNA ENST00000433673的mRNA主要富集在代谢途径、肿瘤发生途径、MAPK途径和内吞。lncRNA ENST00000448179的mRNA主要富集在代谢途径、PI3K-Akt途径和内吞。这些信号通路或多或少都涉及胚胎植入。
这是作者做的GO功能注释,lncRNA与mRNA结合,使之形成RNA二聚体,保护mRNA不被RNA酶降解。自由能BFE用于衡量lncRNA与mRNA之间的结合能力。lncRNA ENST00000448179的mRNA(自由能<-180)主要参与12种生物学过程包括代谢加工、调控。lncRNA ENST00000448179的mRNA(自由能小于-180)不参与胚胎植入过程。
这是一个作者用STRING软件针对六组靶mRNA (CD84, ITGAL, PCDHB9, CDHR3, PARVG, and CERCAM)做的蛋白相互作用网络图,并且发现有些信号分子直接和间接地作用于靶基因。
最后,通过上述的研究结果,作者得出以下结论:lncRNA ENST00000433673在不孕妇女的子宫内膜内高度表达,且主要在子宫内膜上皮细胞表达。另外,lncRNA ENST00000433673上调表达mRNA ITGAL,继而促进ICAM1表达和胚胎的黏附,最后加快胚胎与母体之间的黏附并植入内膜。
通过对此文的解读,我们可理出这篇传统实验结合生信分析文章的研究方法如下:
1. 以活检法从不孕妇女身上抽取少许子宫内膜组织,再从子宫内膜组织分离内膜基质细胞和上皮细胞后培养。
2. 抽取内膜基质和上皮细胞的RNA,做RT-PCR鉴定。
3. 用RIsearch-2.0软件预测lncRNA和mRNA之间的相互作用。
4. 利用DAVID数据库,对靶mRNA进行GO注释。同时以KOBAS 3.0软件作通路富集分析。以STRING软件分析靶基因的蛋白之间相互作用。
DAVID数据库:
https://david.ncifcrf.gov/
KOBAS 3.0软件:
http://kobas.cbi.pku.edu.cn/
STRING软件:
http://string.embl.de/
参考文献:
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