基因共表达网络
基于基因表达量数据,计算各个RNA之间的共表达关系,对共表达关系进行筛选,选取高相关性的关系对绘图,展示各个基因与周边的联系紧密程度。利用共表达关系网络图,可辅助寻找核心基因。
前置分析条件
客户的样本数量多于6个(每组不能少于3个),样本量较少的情况下,两组数据最好来源于同一份样本。
客户可选择参数
- 图片文件(Network图),包括png,PDF格式;
- Cytocape文件:可以cytoscape打开进行细节调整;
- 文本文件:RNA-RNA之间的Degree,RNA-RNA之间的相关性,Pvalue。
Demo结果
Demo结果解读
结果展示了mRNA与mRNA/lncRNA/circRNA之间共表达的结果图,从中可以锁定一些与特定的mRNA均有共表达的RNA,从而寻找核心mRNA/lncRNA/circRNA,或者从已知基因推定lncRNA或者circRNA功能。