lncRNA分析
利用lncRNA与mRNA芯片数据，计算每一个lncRNA与mRNA的Pearson相关性，利用GO，KEGG数据预测lncRNA的功能，结合lncRNA的位置信息，预测lncRNA的cis功能，结合转录因子数据库，预测lncRNA的trans功能。
前置分析条件
客户数据包含lncRNA数据以及mRNA数据。样本数量不少于6个；
限定物种：人，小鼠，大鼠（不能进行Trans分析）
分析结果
- 每一个lncRNA与共表达的mRNA的共表达图谱；
- 每一个lncRNA周边mRNA的cis调控精细作图；
- lncRNA的功能预测；
- lncRNA trans结果及Cytoscape Network。
Demo数据
1.lncRNA与mRNA共表达分析
利用lncRNAs与mRNAs标准化信号值计算二者之间的皮尔森相关系数并进行统计检验，corelation≥0.7且P≤0.05，则认为具有相关性。
每条lncRNA找到一组具有相关性的mRNA，利用其表达值进行无监督聚类分析后绘制热图。
2.lncRNA的功能预测（GO、KEGG）
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3.lncRNA cis分析
Demo结果解读
搜索lncRNA上下游300k范围内的所有编码基因，并与该lncRNAs具有显著共表达关系的基因取交集。这些在基因组上临近且表达模式上存在共表达的基因很可能被该lncRNAs所调控。图中横坐标为基因组位置，红色线条（点）标注lncRNAs的基因组位置；蓝色线条（点）标注编码基因的位置，rho值为该编码基因与LncRNA表达值之间的相关系数。
4.lncRNA trans分析
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结合LncRNA共表达的mRNA，用超几何分布计算每个TF条目中差异gene富集的显著性，得到lncRNA --mRNA--TF对应关系，选取预测可信度最高的Top 200和Top 500个预测关系，对其中各个TF进行频次计数，利用lncRNA--mRNA--TF对应关系，进行可视化网络图的绘制。图中蓝色节点代表转录因子，红色节点表示LncRNA，绿色节点表示mRNA；点大小和其向外连线成正比，连线的粗细和统计结果中关系对出现的次数成正比。
