信号转导Network
利用最新KEGG数据库，提取mRNA-mRNA之间的作用关系，绘制mRNA-mRNA信号传递情况，提示差异基因之间存在的直接/间接的相互作用关系，从而寻找差异基因之间的信号传递情况，辅助挑选核心基因。
前置分析条件
客户关注的mRNA需在KEGG中有对应数据。
客户可选择参数
■ 图片文件（Network图），包括png,PDF格式；
■ Cytocape文件：可以cytoscape打开进行细节调整；
■ 文本文件：每个mRNA的Degree，每个mRNA对应的KEGG，每个mRNA相互作用的具体关系（激活，抑制等）
Demo结果
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Demo结果解读
结果中显示了差异的mRNA之间的信号调控情况，红色为上调的差异基因，蓝色为下调的差异基因。
miRNA-mRNA Network
miRNA-mRNA Network描述
根据miRNA与mRNA的关系，结合miRNA，mRNA的表达数据，构建miRNA-mRNA之间的Network，寻找可能的核心基因。
客户可选参数
■ miRNA靶基因预测数据库：利用合适的算法进行靶基因预测。
■ 是否结合表达数据：是/否
分析结果
■ 图片文件（Network图），包括png,PDF格式，三个数据库预测结果Venn图；
■ Cytocape文件：可以cytoscape打开进行细节调整；
■ 文本文件：miRNA靶基因预测结果。
Demo结果解读
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Demo结果解读
结果中显示了miRNA与mRNA之间的关系，图上红色表示上调，绿色表示下调，图上miRNA点与周边的联系越多，说明该miRNA可能结合的靶基因越多；图上mRNA点与周边的联系越多，说明该mRNA可能受到较多的miRNA调控。
mRNA/miRNA-KEGG Network
mRNA/miRNA-KEGG Network描述
利用合适的算法预测miRNA靶基因，并对靶基因进行KEGG富集分析，利用基因的KEGG富集分析结果，分析客户感兴趣的KEGG与其对应的基因之间的Network，从中寻找出一些参与了多个KEGG的基因，为挑选候选基因提供辅助参考。
前置分析条件
需要提供miRNA芯片/测序以及mRNA芯片/测序结果，并需要指定感兴趣的通路信息。物种限定植物和动物。其他物种需要额外提供靶基因预测结果。
客户可选择参数
■ 图片文件（Network图），包括png,PDF格式；
■ Cytocape文件：可以cytoscape打开进行细节调整；
■ 文本文件：每个mRNA/KEGG的Degree，每个mRNA对应的KEGG。
Demo结果
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Demo结果解读
结果中显示差异mRNA与Pathway的关系，图中橙色方框代表Pathway，圆点代表mRNA（绿色为表达下调mRNA，红色为表达上调mRNA），节点大小与其周围的连线多少成正比。Pathway节点面积越大表明参与其中的差异mRNA越多，对生物学现象贡献较大。
KEGG Pathway-Pathway Network
KEGG Pathway-Pathway Network描述
根据富集分析的结果，分析KEGG Pathway之间的相互作用关系，发现上游信号通路。
前置分析条件
已经对差异基因进行富集分析。
客户可选择参数
■ 图片文件（Network图），包括png,PDF格式；
■ Cytocape文件：可以cytoscape打开进行细节调整；
■ 文本文件：Pathway degree, 每个Pathway之间具体的相互作用关系。
Demo结果
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Demo结果解读
上图展示了各个显著富集的Pathway之间的信号调控关系，根据信流的方向，锁定一些上游的Pathway进行研究。
