Magic-BLAST version 1.5.0 is here~
软件包的下载地址:
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST/
若你曾经有个想法,想具体地重新绘制出一幅更大的全基因组RNA或DNA序列图,以往都要用blast解决,而现在你可以用magic-blast工具实现了。
小编今天介绍这篇于2019年7月发表在BMC Bioinformatics的文章。
Magic-BLAST工具通用性非常强大,运行也很快。它可将要读取的片段与BLAST数据库或一个FASTA文件排列在一排。可接受FASTQ文件作为输入,或者自动从NCBI的SRA存储库中检索。
那你知道Magic-BLAST算法怎样做的吗?来看看这流程图……
给你看一个例子就明白了。
使用方法:
1. 构建数据库
1 makeblastdb -in Malus_baccata.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out Malus_baccata
-inà 参考序列
-dbtypeà 数据类型:核苷酸和蛋白质可选
-parse_seqidsà 暂时还没搞懂这个参数的意思
-outà 数据库的名称
2. 比对序列
# 默认输入文件为fasta格式
# 单个fasta文件
magicblast -query reads.fasta -db Malus_baccata
# 两个fasta文件
magicblast -query reads.fasta -query_mate mates.fasta -db Malus_baccata
# 如果输入文件为fastq格式
magicblast -query reads.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq
# 双端数据
magicblast -query reads_R1.fastq -query_mate reads_R2.fastq -db Malus_baccata –infmt fastq
3. 可变剪切
By default, Magic-BLAST aligns RNA reads to a genome and reports spliced alignmets.
4. 多线性参数
magicblast -query reads.fasta -db genome -num_threads 10
参考文献:
Grzegorz M. Boratyn, Jean Thierry-Mieg, Danielle Thierry-Mieg, Ben Busby and Thomas L. Madden. Magic-BLAST, an accurate RNA-seq aligner
for long and short reads. BMC Bioinformatics (2019) 20:405
• END •