最近一项来自维也纳医科大学和其他中心的科研人员的研究表明：在胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤中发现的DNA甲基化模式可能为患有脑癌的患者提供生存机会。

这项研究发表在《Nature Medicine》（Nat Med）期刊上，见刊时间：2018年8月27日，影响因子高达32.621，这项研究成果具有极高的应用价值，为人类研究脑癌疾病的发展起到了积极的推动作用。

研究人员对112例福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的肿瘤样本进行了基于亚硫酸氢盐序列测定（RRBS）的甲基化分析，维也纳医科大学的资深作者Christoph Bock和Adelheid Woehrer写道：“我们的研究建立了一个丰富而公开的资源来描述胶质母细胞瘤进展过程中DNA甲基化的动态，这与磁共振成像和详细的组织病理学数据相匹配。”

例如，在随时间收集的来自不同肿瘤切片的样本中，研究小组看到了肿瘤微环境与甲基化联系中的可变和移位甲基化谱。它还检测到甲基化差异，似乎与患者的结果相一致，包括在较短存活时间的个体中，MGMT和Wnt信号基因启动子会低于常规甲基化。

作者写道：“鉴于常规临床诊断中有可靠的DNA甲基化检测方案，表观遗传生物标记物可能有助于改善胶质母细胞瘤和其他癌症的诊断、预后和个性化治疗方案。”

在本研究中，科研人员首先对病例中的个体进行了两到四次抽样，其中包括一组在进展后测试过的患者，之后使用RBS，研究人员在同一患者的不同时间点或肿瘤切片中，对283个FFPE肿瘤样本进行了平均180万个CpG位点的分析，并将数据与MRA、病理、临床和其他在同一时间点收集的数据放在一起。

此外，他们还为105名患有idh野生型GBM肿瘤的人和十几名患有idh突变的继发性GBM、少突胶质细胞瘤或星形细胞瘤的个体添加了数据。

在有进展性研究的肿瘤样本的个体中，研究小组检测到与进展过程相关的dna甲基化在细胞凋亡和神经发育等过程中的启动子处，以及MGMT启动子和wnt信号基因启动子中甲基化的减弱，特别是在生存模式较差的个体中。

此外，研究人员还表明，基于RRBS数据，利用DNA甲基化、组织学线索、临床注释、MRI模式、以及原发性GBM肿瘤中的其他数据等方法，在生物信息学上获得拷贝数洞察以及与肿瘤亚型相关的其他遗传或转录线索是可能的。

“RRBS数据使我们能够推断出广泛的肿瘤特性，包括已知的生物标志物，如G-CIMP状态、MGMT启动子甲基化和染色体1p19q共缺失，”作者指出。“我们还建立了RRBS数据用于预测胶质母细胞瘤过渡亚型的效用，从而将该候选生物标志物扩展到常规收集的FFPE样本中。”

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